Las razones de esta fundación estaban ligadas a la necesidad de establecer una urbe en el litoral del hoy océano Pacífico, en especial, por el animus español de conquistar nuevas tierras al sur, en donde se decía, existía una enorme fuente de riquezas, específicamente el oro.
De tal forma, que, la empresa tomó mayor arraigo, luego de que Pedrarias eliminara a Vasco Núñez de Balboa, quien había visualizado el llamado Mar del Sur, un 25 de septiembre de 1513. Y sumado a esto, con la fundación de la nueva ciudad, también se trasladó la primera diócesis fundada en Tierra Firme.
La ciudad estaba conformada por siete conventos, un hospital, un cabildo, una cárcel, dos puentes (Puente del Rey y el Puente del Matadero); un fuerte (de la Natividad) y la Catedral, con la torre que todavía se erige como símbolo de la primera urbe española en el litoral del Pacífico.
La comunidad estaba compuesta primeramente por españoles, originarios y, en la parte más cercana al mar, existió la Casa de los Genoveses, en la que se tenían a los negros. No obstante, esta realidad debió incorporar a los criollos y mestizos, con el pasar del tiempo.
Además, aunque no lo parezca, la comunidad judía se hizo presente, y de manera clandestina quiso incorporar sus prácticas religiosas, cosa que no fue bien vista por la Corona.
Los lugareños convivían y asimilaban las costumbres españolas, cuando no las tenían. El agua la sacaban de pozos que aún hoy se pueden apreciar, algunos mejor preservados que otros. Había, además, un aljibe en el Convento de las Monjas de la Concepción, o Convento de la Concepción; en el que se conservaba el agua de lluvia, del cual disponían las personas más acomodadas del lugar, además de las hermanas.